10X Genomics GemCode——大片段 DNA 建库分析平台,您听说了吗?
日期:2016-02-18 来源:

GemCode 您听说过么?

  GemCode 是10X Genomics公司推出的一款大片段 DNA 建库分析平台。2015年成为十大生命科学领域创新产品评选排名第一的产品,博奥生物集团旗下子公司尊龙凯时-人生就是搏是首家引进此平台的公司!

为什么要发明GemCode?

   检测大片段DNA的改变、减少基因组组装的gap,之前主要靠第三代测序(例如PacBio)完成,但实验成本非常高。为了能够经济快速地产生数据,实 现SNP的大规模鉴定,研究人员不断寻找新的工具。终于2015年2月,10X Genomics公司发布的GemCode大片段建库平台顺势而生。与Pacbio三代测序原理不同的是,该平台通过对大片段引入序列标识的方法,能够间 接实现长片段测序。这个平台并非单独使用,而是与短读取的测序仪结合使用,能轻松整合到现有的测序流程中。该平台最流弊的是只需低至1ng 的DNA就能完成建库和测序实验,完成长达几十Mb的单体型序列分析,是疾病遗传学研究、动植物育种研究、基础生物学研究等强有力的工具。


神奇GemCode的工作原理?

   GemCode使用的是胶珠微滴扩增系统,微滴由GemCode仪器产生,每个微滴中包含约60个长链模板DNA分子(>100kb)、1个胶珠 以及DNA扩增所需的聚合酶、dNTP等。扩增的引物固定于胶珠内,每个微珠内的引物含有一种特定序列14bp barcode标签(多达70万种)和illumina测序所需的序列。PCR扩增反应在微滴内进行,来自于一个微滴的长链模板产生的扩增产物带有能识别 该微滴的特定标签序列;而不同胶珠内的barcode标签不同,从而追踪发生在各微滴的扩增反应。扩增产物用于后续illumina建库和测序,通过 barcode序列信息追踪来自每个大片段DNA模板的多个读段,从而进行单体型拼接和结构变异分析。